Коротко. Сравнение расходов Москвы и РФ.

Примерно половина сборов остается в регионах. Вторая половина уходит в ФБ, из которого отщипывается на федеральные расходы, остальное распределяется обратно по регионам.

Я понимаю, что у вас своё представление о системе гос.бюджетов и источниках его финансирования. Но давайте не путать федеральный бюджет (государство РФ) с региональными бюджетами (субъектов федерации, к которым относятся также и 3 города фед.значения)

Источниками федерального бюджета являются НДС, НДПИ, акцизы, прибыли гос.корпораций и доля в 3% от налога на прибыль со всех российских юр.лиц. Расходуется он, в первую очередь" на содержание центрального гос. аппарата  - все министерства (в т.ч. силовые  - армия, МЧС, Росгвардия и пр.), т.е. на содержание федеральных бюджетников (включая федеральных пенсионеров не через ПФР) и нац.проекты+ трансферы под региональные проекты+ погашение гос.долга. По счастливой случайности все эти федеральные структуры находятся в Москве, где за их сотрудников и платят в региональный и муниципальные (оба Московские) бюджеты НДФЛ.

Источниками регионального бюджета  (область, край, автономия, города фед.значения) являются 85% НДФЛ, собранного в этом регионе; доля в 17% от налога на прибыль юр.лиц и весь налог на имущество коммерческих организаций, зарегистрированных в ДАННОМ регионе, транспортный налог со всех авто с номерами региона. Расходуется на содержание гос аппарата региона и его бюджетников (врачи, учителя, органы правопорядка). Остаток расходуется на региональные проекты + трансферты под муниципальные проекты+ погашение долгов, сделанных регионалами (государственные и/или коммерческие кредиты)

Источниками муниципального бюджета (облцентры и города  региона)  являются 15% НДФЛ, собранного в этом муниципалитете, земельный налог с организаций, имеющих регистрацию в этом городе, ЕНВД от мелкого бизнеса, и имущественный налог с физ лиц. Расходуется на содержание городского/ районного аппарата управления и муниципальные проекты. В городах-миллионниках  - это деление на адм.-территориальные городские округа (аналог города в провинции)

Есть ещё бюджеты сельских поселений (по адм-территориальному признаку) им оставляют 2% НДФЛ, весь земельный и имущественный налог с физ.лиц и 30% сельхозналога. Тратят на свою администрацию и содержание поселковой инфраструктуры. Про проекты  - слышать не доводилось, но если есть на что, то могут.

Москва в этом случае триедина: фед.центр, региональный центр и муниципальные центры - округа и распоряжается 3-мя видами бюджета. Поэтому при спорах, желательно понимать о какой управленческой функции идет речь. Логично сравнивать бюджет Москвы - как субъекта РФ с бюджетами других субъектов (областей, краев, автономий и городов фед значения  - СПб и Севастополь)

Соответственно, рассматривая один из основных бюджетообразующих региональных налогов - НДФЛ видим, что:

• по фед. городам РФ  - имеется разница в наличии/ отсутствии поступления всего НДФЛ с федералов в региональный бюджет Москвы;
• по субъектам РФ - забирается с региона 85% НДФЛ с жителей территории области, а в Москве - это весь объем налога;
• по муниципалитетам РФ - остаётся 15% НДФЛ, а в Москве между округами перераспределяется трансфертами;
• по поселениям  - остается 2% НДФЛ, не уверена, что Москва дает трансферты области

Особый интерес представляет налог на прибыль организаций, 17% которого до 2014 года оставалось в регионах, а 3% уходило федералам (не в московсгий, а в госбюджет).  А также налог на имущество этих организаций - который весь оставался в регионе. Однако, после появления "консолидированных групп налогоплательщиков" (КГН) - это российские холдинги, имеющие прибыльную промку в множестве регионов РФ(а иногда и за рубежом), и перевода ВСЕХ этих предприятий из региональных налоговых резидентов в специально созданные под КГН в Москве налоговые инспекции, они перестали быть плательщиками налогов на прибыль и имущество по месту физического нахождения. Теперь по факту КГН платят эти налоги с этих региональных предприятий в бюджет Москвы, как субъекта РФ. Там есть хитрая и никак не регулируемая областями система небольшого обратного трансферта, но к "региональным ручкам Москвы" прилипает бОльшая доля этих налогов.

По факту, регионы получили не только выпадение до 50% доходов своего прежнего регионального бюджета, но и снижение реинвестиций прибыли в корпоративную промку на их территориях. Прибыль выплачивается акционерам и выводится в оффшоры. И тут Москва уже совсем не причем. Всё по Черномырдину: "хотели как лучше..." 

Извините за длинный ликбез, но тема налоги/бюджеты и правда специфичная, и требует когнитивных усилий для понимания как это устроено...