1. сначала нужно определиться зачем делить исследования на прикладные и фундаментальные 

вар.А) чтобы обеспечить сбалансированное развитие науки в целом т.к. часть исследований проводить выгодно и можно найти инвесторов, а часть исследований не будут коммерциализируемы никогда, либо спустя длительное время, но они нужны в т.ч. и для дальнейшего развития инвестируемых отраслей науки. В этом случае, фундаментально то исследование, которое не может привлечь интерес и финансы бизнеса, либо государства (в смысле, когда государство решает сугубо практические задачи). А прикладным будет то исследование, которое дает коммерческий эффект  в результате своей реализации, либо потенциально может его дать. Причем коммерческий эффект должен значительно превышать затраты на исследования. Например,разработка новой буровой установки это прикладное исследование. Выведение нового сорта пшеницы это прикладное исследование в США (т.к. там достаточно инвесторов)  и в некотором смысле фундаментальное у нас т.к. бизнеса склонного инвестировать в такие проекты у нас нет, равно как и нет понимания в государстве что в эту сферу следует вкладывать деньги. 

вариант Б) фундаментальное исследование это исследование дающее значимую и универсальную информацию о законах природы и ее основное отличие от прикладного исследования - концептуальная универсальность 
в этом случае, разработка первого ядерного реактора, первой баллистической ракеты - это фундаментальное исследование а создание аналогов с небольшими функциональными улучшениями это прикладные исследования. В принципе существенного конфликта между вариантами А и Б нету. Создать принципиально новый продукт крайне не выгодно т.к. для него нужно создавать еще и рынок и очень низкая степень прогнозируемости коммерческого успеха. Поэтому создание принципиально новой технологии, нового продукта это тоже фундаментальное исследование и должно финансироваться государством т.к. именно появление новых сфер человеческой деятельности, новых рынков, объектов потребления и способствует развитию экономики. 
а когда государство финансирует "прикладные"проекты, нацеленные на создание аналогоа, то оно способствует лишь повышению конкурентности рынка, обесцениванию аналогичных инвестиций со стороны частного капитала и т.д. 

С этой точки зрения я бы согласился с концепцией РАНовцев, что государство должно финансировать  только фундаментальные исследования. 

Однако есть и другие варианты, а кроме того нет юридического определения понятий фундаментальное и прикладное исследование, а значит, каждый понимает как ему хочеться. 

вариант В) фундаментальные исследования это исследования проводимые в РАН-прикладные - это исследования проводимые в неРАНовских структурах 
вариант Г) фундаментальные исследования это то чем занимаются "чистые" науки, например биология это фундаментальная наука а медицинская паразитология это прикладная наука. то есть здесь мы идем к делению наук на фундаментальные и прикладные, что категорически неправильно, но экономически приятно для отдельных представителей отдельных структур.

http://www.scientific.ru/dforum/scilife/1307608367

О соотношении фундаментальных и прикладных исследований в онкологии и иммунологии *

Возникновение и развитие биотехнологии, на глазах превращающей результаты самых отвлеченных научных исследований в генноинженерные продукты, диагностикумы и лечебные препараты, открыли совершенно непредвиденные возможности для практического приложения фундаментальных исследований. При этом биотехнология с ее непрерывно возрастающими «аппетитами» создает постоянный прессинг, требуя от ученых, занятых фундаментальными исследованиями, все новые технологически перспективные результаты и диктуя им выбор целей и путей исследования. В биологии и медицине создалась новая ситуация. У фундаментальных исследований появилось новое и едва ли не главное измерение – потенциально-практическое. В системе критериев ему отводится одно из первых мест, зачастую определяющее право научной работы на существование и поддержку. Проблема соотношения фундаментальных и прикладных исследований приобрела на всех уровнях – от научной дисциплины в целом до конкретной тематики небольшой лаборатории или группы – небывалую остроту и универсальность. От ее решения зависит, с каким уклоном будут развиваться у нас в стране медико-биологические науки и как сложится их облик в будущие годы.

Мы хотели бы проанализировать эту проблему на примере конкретных ситуаций в экспериментальной и клинической онкологии и отчасти в теоретической и прикладной иммунологии.

Две области одной науки. Отличие в целях, критериях, методах и продуктах

К фундаментальным мы относим исследования, имеющие целью понимание явления, построение его теории, в то время как прикладные или технологические работы нацелены на использование явления или полученного знания в практике. В фундаментальных исследованиях знание выступает как цель, в прикладных как средство.

Разные цели определяют различие систем ценностей в фундаментальных и прикладных работах, а также отличия в их методах и продуктах исследования. Чтобы проиллюстрировать эти отличия, рассмотрим теоретическую и практическую ценность одних и тех же работ в современной онкологии. Для наглядности воспользуемся условной шкалой. В ней значимость фундаментальной работы или цикла работ определяется их ролью в создании теории злокачественного роста, а для прикладных исследований – разработкой нового типа эффективной диагностики, профилактики или лечения опухолей. Теперь главные достижения современной онкологии предстают как бы в двух измерениях – теоретическом и практическом. Эти достижения можно довольно естественно разделить на несколько групп.

В первую группу входят исследования, имеющие максимальную ценность и в теоретическом, и в практическом измерениях. Тут значатся целые научные дисциплины, – такие как патологическая морфология опухолей и их гистогенез, т.е. клеточные основы их возникновения и развития. Эти дисциплины создали представление о клеточной природе опухолей, их классификацию, и картину агрессивного характера их роста и путей распространения в организме. Одновременно они стали основой для гистологической (сегодня основной и наиболее надежной) диагностики опухолей, что абсолютно необходимо для лечения онкологических больных.

Следующую группу составляют достижения, максимально значимые в теоретическом отношении, но не давшие (еще?) существенных практических результатов для клинической онкологии. Началом «новой эры» в фундаментальной онкологии можно считать открытие вирусной трансформации клеток в тканевой культуре – оно позволило выявлять элементарный акт превращения нормальной клетки в опухолевую, притом количественно и в «пробирке» – вне организма. Открытие десятков новых опухолеродных вирусов у животных в период 50-х – 70-х годов создало впечатление, что и вирусы опухолей человека уже «в руках» у исследователей – дело лишь в выборе чувствительных к этим вирусам тканевых культур или животных. Обширная, многоплановая и международная, тщательно спланированная и предельно обеспеченная ресурсами программа изучения вирусных опухолей, разработанная Национальным раковым институтом США, была нацелена именно на поиски опухолеродных вирусов человека с последующей вакцинацией против этих вирусов. Но она не дала ожидаемых результатов, хотя успех работ казался предрешенным.

В то же время глубокое теоретическое изучение опухолевых вирусов, предпринятое как по программе, так и главным образом вне ее, привело к ошеломляющим открытиям, далеко выходящим за рамки онкологии или вирусологии. Было установлено, что наследственный аппарат опухолеродных вирусов объединяется с генетическим аппаратом клетки и что эта интеграция есть первое и необходимое условие опухолеродного действия вируса. Однако, если интеграция ДНК-содержащих опухолевых вирусов с ДНК клеточного генома представлялось хоть и гипотетической, но возможной, то казалось загадочным, как может встраиваться в клеточный геном генетическая информация РНК-содержащих вирусов. Очевидное противоречие привело к крупнейшему открытию – ферментативной системы, обеспечивающей обратную транскрипцию: синтез ДНК по матрице вирусной РНК с помощью фермента обратной транскриптазы, или ревертазы. Образовавшаяся ДНК-копия встраивается в геном клетки и существует в нем в форме провируса, неотличимого от собственно клеточных генов.

Одновременно было открыто большое и пока еще таинственное семейство эндогенных вирусов, геном которых существует в нормальном геноме, передаваясь по наследству и не вызывая опухолей.

Крупнейшим открытием нашего времени стало открытие вирусного онкогена, то есть единичного гена, белковый продукт которого вызывает опухолевую трансформацию. За вирусными онкогенами последовало открытие клеточных онкогенов, активация которых (канцерогенами, мутациями, транслокациями, вирусными генами) ведет к образованию опухолей. Изучение механизма онкогенного действия опухолеродных ДНК-содержащих вирусов (SV40) привело к открытию гена – супрессора опухолевого роста (р53). Инактивация соответствующего гена (и контролируемого им белка) ведет к автономной репликации клеток, несущих опухолеродные мутации и тем самым резко стимулирует канцерогенез в клоне р53 дефектных клеток. Онкогены и гены, супрессоры опухолевого роста оказались связующим звеном вирусного, химического и «спонтанного» канцерогенеза. Их открытие стало основой для создания общей теории образования опухолей.

Вместе с тем практическое использование открытий в области вирусологии рака еще довольно ограничено. Оно касается в основном немногих редких и эндемичных (то есть типичных для определенных районов мира) форм рака и лейкозов человека, связанных с действием вирусов. Некоторые более распространенные опухоли человека, такие как рак печени, один из наиболее распространенных в Юго-Восточной Азии, Южной и Западной Африке, развивается как следствие хронического носительства вирусов гепатита В или С. Вакцинация против вируса гепатита В населения этих стран, проводимая в настоящее время, должна снизить носительство этого вируса и, соответственно, возникновение первичного рака печени. И это, пожалуй, главное, что обрело в онкологии определенное практическое значение, основанное на открытиях из работ по вирусологии рака.

http://garriabelev.narod.ru/relat.html