Однажды я уже делился своими впечатлениями от разглядывания таблицы соответствия кодонов (триплетов нуклеотидов) аминокислотам в последовательностях синтеза белков.
Тогда обращалось внимание на то, что этот код квазидуплетный и использование триплета нерационально. Но сейчас давайте взглянем несколько иначе на это явление и увидим это под другим, так сказать, углом. Задумаемся над тем, почему код всё-таки триплетный, тогда как дуплетный был бы намного проще. И тут из памяти всплывает словосочетание "антропный принцип". То есть кодон триплетный потому, что будь он проще (дуплетный) нас бы просто не было! И некому было бы размышлять на эту тему. Т.е. это необходимое условие без которого существование разума оказалось бы невозможным. Это как в гипотезе мультивёрса - Вселенные могут иметь разные законы физики, разные константы, но мы существуем именно в этой Вселенной именно с этими законами потому, что именно это их сочетание допускает возможность нашего существования.
Теперь рассуждая дальше, (и если совсем чуть-чуть натянуть сову на глобус) приходим к выводу, что абиогенный синтез системы с дуплетными кодонами должен быть намного более вероятен, чем триплетный. В этой системе (дуплетной) и длина кодирующих ДНК/РНК будет короче для одинакового размера белка, и тРНК нужно меньше и оно наверное будет проще. В общем получается, что самозарождение жизни на основе дуплетного кода нуклеотидов есть норма, а триплетного кода редкая аномалия. И если жизнь зарождается в каждой теплой луже (как утверждают некоторые), то это жизнь именно на основе дуплетных кодов. А мы наблюдаем триплетный аномальный кодон только потому, что при этом минимуме 20-ти аминокислот возможна эволюция до разумного вида. А дуплетный код даже с предельным количеством кодируемых аминокислот имеет "эволюционной потолок" под которым нет места разумному виду. Сложно сказать где именно срабатывает ограничение - на появлении эукариот или животного мира, но это ограничение есть.
Например известно, что белки актин и миозин(белки подвижности) являются полноценными белками, включающими в себя весь набор аминокислот. А значит для организмов на основе дуплетного кода их существование невозможно. Ну а без них невозможно существование ни животных, ни эукариот. Вероятно это не единственный элемент фильтра-ограничителя эволюции для дуплетного кода. Но и этого в принципе достаточно.
Ниже, в качестве примера, смоделировано как могла выглядеть кодировка в дуплетном коде и что из это могло бы последовать.
Вариант кодировки получен следующим образом - взята таблица триплетного кодона, вычищен третий кодон и если в секторе кодирования оказывалось более одной аминокислоты/команды случайным образом что-то удалялось. Ну кроме команд "Старт", "Стоп" - у них был приоритет на сохранение, чтобы система была работоспособной.
В результате появилась табличка исключенных из потенциального биологического процесса дуплетной жизни аминокислот.
Таблица исключенных аминокислот с описание их функций
В данном примере у потенциальной жизни возникнут проблемы в стабильности структуры белков, ферментной активности, внешних покровов потенциальных животных. Ну а про двигательную активность я уже писал выше.
Краткое резюме
Подытоживая данную гипотезу можно сказать, что если жизнь порождается в каждой "теплой луже", то это простейшая дуплетная жизнь, которая заполняет все жизненное пространство и захватывает все доступные ресурсы, но имеющая "эволюционный потолок", который она не способна преодолеть. Скорее всего её предел прокариотные организмы. И только в редчайших случаях возможна аномалия - появление более сложного триплетного кода и как следствие разумного вида. Т.е. наша Галактика может кишмя кишить жизнью, но в результате мы все-таки одни.
Примечание о заголовке.
Каждый волен трактовать его так, как ему заблагорассудится. Можно толковать, что "неправильные пчелы" это как раз наша триплетная аномалия, а можно трактовать его так, что "неправильные пчелы" это повсеместно распространенная дуплетная жизнь - пустышка, не порождающая разумного вида. Тут дело вкуса.
Комментарии
... приговор - большая влажность при большой температуре.
и отсутствии движения воздуха.
Венозная кровь превращается в артериальную в малом круге кровообращения (в легких). Неужели в легких кровь нагревается? Там наоборот все условия способствуют охлаждению. Огромная поверхность испарения + постоянная вентиляция.
"Подытоживая данную гипотезу можно сказать, что если жизнь порождается в каждой "теплой луже", то это простейшая дуплетная жизнь, которая заполняет все жизненное пространство и захватывает все доступные ресурсы" - так мы просто обязаны именно эту жизнь обнаружить на Марсе, не так ли ?
Ну я точно не обязан.
Я не придерживаюсь еврилужных (эврипульных, каждолужныж) представлений происхождения жизни. Это просто размышление о возможной вариабельности.
Я, попробую иначе.
Если марсианский метан имеет таки биологическое происхождение, то это почти наверняка чуждый нам примитивный код, а не родной нам истинный юникод...
И если кто-нибудь таки дотащит с Марса грунт с глубины метров 10 и мы там найдём что-нибудь вида бактерии... (а то и целую инфузорию-туфельку марсианскую !) то туфелька эта будет в двубайтовой кодировке...
Так можно двинуться в сторону верификации гипотезы ? Надеюсь я ничего не опошлил как всегда ?
p.s. А вот если там вообще нифига не будет, ни туфелек ни бактерий, то возникнет весёлый вопрос - а почему не сработала эта двубайтовая эвалюция, которая должна шпарить куда быстрее нашей ?
p.p.s. Ах, к каким темам приводят эти вопросы !
Вряд ли Марс подходящее место для верификации данной гипотезы. Всего каких-то несколько миллионов километров и миллиарды лет соседства. Скорее всего взаимовлияние произошло с вероятность 0,9999999...
Ну смотрите, Вы пишите : "В общем получается, что самозарождение жизни на основе дуплетного кода нуклеотидов есть норма, а триплетного кода редкая аномалия. "
Хорошо, нам - невероятно повезло. Но если на Марсе произошло самозарождение - то уж точно с дуплетным кодом. И даже если потом и было влияние - что, наша жизнь скушала аборигенов ? Это при условии, что на базе дуплетного кода эволюция должна идти быстрее ?
p.s. Ну хорошо, можно оставить тему Марса. Но просто такие вопросы - это практически единственное, что вообще может оправдать тему исследования космическими аппаратами планет солнечной системы. Тратить миллиарды на уточнение химсостава марсианского песка ? Напряжённости магнитного поля спутника Сатурна ?! Пфф...
А вот именно эти вопросы выводят на тот самый спор "Коперников" с церковью, который случился в средние века и до сих пор позиция "коперников" научными фактами не подтверждена ! Нет никаких следов жизни там ! Вон, сейчас даже SETI перестали финансировать - ибо отрицательный результат !
Все верно. Но если исходить из того, что у дуплетной жизнь есть эволюционный потолок в развитии, например они не способны эволюционировать в эукароиты не способны к подвижности, то начни они экспансию уже после появления эукариот, то их сожрут, но сами они сожрать никого не могут. Их преимущество способно проявиться только на раннем этапе еще до появления LUCA. Поскольку они способных образовывать более длинные пептидные цепочки (а значит более разнобразные по свойствам) , при равной длине исходного кода РНК.
Не факт что белки, обеспечивающие "недостающие" функции инвариантны (собственно как и сама ДНК или белки) и не могут быть собраны меньшим количеством аминокислот. Или наоборот большим. Например 5-кодовыми последовательностями :)
Кроме таблиц перекодировок (koi-8. cp1261, cp866) существуют же другие алфавиты и (невероятно, но факт) другие языки.
Это как спор, можно ли точно записать полное собрание сочинений Шекспира китайскими иероглифами :)
Для примера возможности вариантов - возьмите те же бывшие бактерии что теперь у нас, у эукариотов, за митохондрии. Там свой язык, своя логика кодирования..
Вот поэтому марсоходы и ездят по Неваде а европейские спутники бьются при посадке :)
Коперники малы ещё чтобы тягаться :)
Вопрос, насколько велика приспособляемость/эволюционируемость дуплетной жизни. Имея "эволюционный потолок", при изменении условий (лужа остыла) такая жизнь может не успеть эволюционировать и прекратится.
Аминокислот больше 20, даже в белках может участвовать 21 или больше из них. При этом триплетность нужна только для белков и не всегда сохраняется в самом белке.
Пишут нам в интернетах. Но стартовый топик несколько не об этом.
нет уж...умудрились задурить.....так читайте камменты камрадов)))))))
Большое спасибо Вам за это
Поправьте если ерунда:
Триплеты нуклеотидов могут кодировать большее количество белков, так? Но если из дуплетов составлять слова по 4-8 нуклеотидов, ими можно кодировать ещё больше белков. Конечно для этого потребуется более сложная кодировочная матрица (как её, рибосома, не?)
Ящетаю, механизмы зарождения жизни явно не изучены, и мы можем только фантазировать на эту тему.
Кстати, сколько-нибудь развёрнутого определения жизни нет до сих пор, ибо все определения грешат частностями.
Дуплет это и есть слово из двух букв (при алфавите из четырех). Всего возможно вариантов таких слов 4^2 = 16. Триплет это 4^3=64 варианта (используется только 20-ть). А если бы были скажем квадроплеты это было бы 4^4 = 256 вариантов.
Строго говоря самый простой вариант это мононуклеотидная жизнь. Один нуклеотид кодирует одну аминокислоту и вариантов всего четыре.
Там не то, чтоб используются, там принцип времени удержания пространственным расположением зарядов - поэтому разные триплеты могут отразиться в одинаковый выбор аминокислоты.
А Вы не рассматриваете вариант, что триплеты более надёжны как носитель информации по сравнению с дуплетами. То есть, избыточность кодирования позволяет увеличить его надёжность ?
....Дядя походу в курсе топика....респект......)))
код Рида-Соломона в биологической упаковке?
Да, именно это и имелось ввиду
Наука - любая наука! - не должна спрашивать "почему" и "зачем". Она должна спрашивать "как" и "как это использовать" (слово "использовать" происходит от слова "польза"). Ну и отвечать на эти вопросы, разумеется. А в остальное лезть не надо.
Чтоб два раза не вставать: если спросят, почему, отвечаю: ТАК УСТРОЕН МИР!
Кракодил ТАК УСТРОЕН МИР!
Больше похоже на заклинание. НЛП. Ничего не имею против магии, но обсуждение как бы в русле научной картины мира. Последняя плывет. Расплылась лужей. Все, что торчит над лужей или спрятано на глубине под лужей, - лужей не охватывается и не рассматривается. Есть совокупность гипотез, позволяющая решать одни классы задач и невменяемая в отношении других классов задач.
МИР УСТРОЕН ИНАЧЕ. Алиса.
Задумаемся над тем, почему код всё-таки триплетный, тогда как дуплетный был бы намного проще. И тут из памяти всплывает словосочетание "антропный принцип". То есть кодон триплетный потому, что будь он проще (дуплетный) нас бы просто не было! И некому было бы размышлять на эту тему. Т.е. это необходимое условие без которого существование разума оказалось бы невозможным. Это как в гипотезе мультивёрса - Вселенные могут иметь разные законы физики, разные константы, но мы существуем именно в этой Вселенной именно с этими законами потому, что именно это их сочетание допускает возможность нашего существования.
Теперь рассуждая дальше, (и если совсем чуть-чуть натянуть сову на глобус) приходим к выводу, что абиогенный синтез системы с дуплетными кодонами должен быть намного более вероятен, чем триплетный. В этой системе (дуплетной) и длина кодирующих ДНК/РНК будет короче для одинакового размера белка, и тРНК нужно меньше и оно наверное будет проще. В общем получается, что самозарождение жизни на основе дуплетного кода нуклеотидов есть норма, а триплетного кода редкая аномалия
Из неправильных предпосылок - закономерно следует неправильный вывод.
Основное требование здесь не "проще/сложнее" , а устойчивее.
Более ли устойчива система с дуплетными кодонами к внешним воздействиям/мутациям чем с триплетными кодонами? И вообще - может ли система с дуплетными кодонами существовать в принципе? Вот основной вопрос.
И без ответа на него -все остальные рассуждения просто бессмысленны. ИМХО.
P.S. Вопрос разумного/оптимального усложнения системы. Как пример любая обратная связь - требует энергии на своё создание и функционирование, но без обратных связей -устойчивой и надежной системы не создать.
Для кодирования белка скажем из 1000 аминокислот требуется РНК длиной 3000 нулеотидов для триплетного кода и в полтора раза меньше. А чем короче молекула тем она стабильние. Так же верно, что при равных размерах цепочек нуклеотидов, для дуплетного кода возможно создание пептидной цепочки в полтора раза длиннее и следовательно при одной длине РНК кода разнообразие конструируемых белков выше (больше вариантов).
Так, что с аргументом преимуществ триплета перед дуплетом на ранней стадии появления жизни не согласен, по описанным выше причинам.
Тогда вопрос - а каким боком тут вирусы?
Точнее к какому кодому они относятся?
Система кодирования у вирусов, бактерий и проч. организмов одинаковая. Иначе вирусы не смогли бы паразитировать. Им нужны клеточные механизмы чтения и построения белков. Своих-то таких механизмов у них нет. У них есть только код. А белки им нужны, как всем живым организмам.
Просто я к тому, как вообще сформировалась эта система. есть же мнение что организмы мутируют все же в большинстве своём под действиями вирусов. не могут ли вирусы быть первоисточник ом этой мутации из 2D в 3D?
Ваш вопрос звучит как, может ли компьютерный вирус вызвать переход от двоичной системы счисления в процессоре к десятичной.
Если бы комп. вирусы могли бы произвольно менять свой код, типа полиморфизма, но при этом сохраняя работоспособность в системе и получать при этом новый функционал..
То перепаять процессор всё равно не смогли бы.
А вирусы перепаивают. Так что у этих двух сущностей только названия одинаковы. больше ничего общего нет.
Нет, вирусы исполняются на той же архитектуре (о чём уже говорили выше).
Ну разумными-то мы стали не благодаря триплету, а условиям обитания. Эволюционно, так сказать...
Суть данного топика в том, что дуплетной жизни есть потолок в эволюции.
В смысле предполагается.
А это разве не "химией" предполагается, что, например, UG сцепиться с такой же UG и образовать триплекс? Вернее, UG с UC...
OratorFree, прошу вас при случае откомментировать тему молекулярных двигателей.
Как роторный двигатель возникает путем естественного отбора? Извините за ненаучную постановку вопроса. Бомбардировку космическими лучами представить можно. И получение отдельных деталей в результате бомбового удара - тоже можно. (Не без напряга) Но ведь есть не просто проблема сборки деталей (технологическая карта). Все в детстве разбирали что-то до винтика, а после испытывали трудности при сборке. (Лишние детали по закону Мэрфи) Двигатель - в системе регулирования и управления. С контурами ООС и сенсорными датчиками. Прикидки из теории вероятностей обескураживают. Не просто обезьяна играет сонату Бетховена, соблюдая все указания маэстро ( forte - громко, piano - тихо и т.д.). Она, случайным образом тыкая клавиши, играет все сонаты Бетховена!
??? Пролейте света в тьму недопонимания электриками внутриклеточного .. матаболизма. Дальше - будет больше. Гальванические элементы сами по себе и как элементы сверх-сложной электрической схемы во внутриклеточном синтезе всякой всячины.. Эволюция p-n - перехода в процессор с системой команд и вшитым в память компилятором - увлекательнейшее упражнение для начинающего эволюциониста-дарвиниста. Это- пример-образ перехода простой электрической схемы (транзисторный усилитель) - в сложную (радиоприемник) и сверх-сложную (телевизор с процессорным блоком). Но об эволюции принципиальных электрических схем внутри клетки спрошу позже. Движок - хорошая разминка. Лодочные моторы многие себе представляют. Рыбалка, спининги там... Уха...
Начальник транспортного цеха куда-то запропастился. Приходится хватать за фалды биохимика и учинять пристрастный допрос с угрозой применения электрошокера. Начальство вывесило плакат ЭВОЛЮЦИЯ и отвалило в бессрочный отпуск. Абонент вне зоны.
Как роторный двигатель возникает путем естественного отбора? Извините за ненаучную постановку вопроса. Бомбардировку космическими лучами представить можно. И получение отдельных деталей в результате бомбового удара - тоже можно. (Не без напряга) Но ведь есть не просто проблема сборки деталей (технологическая карта). Все в детстве разбирали что-то до винтика, а после испытывали трудности при сборке. (Лишние детали по закону Мэрфи) Двигатель - в системе регулирования и управления. С контурами ООС и сенсорными датчиками. Прикидки из теории вероятностей обескураживают.
"Если кажется, что что-то настолько сложно устроено, что вы не представляете как оно могло возникнуть в ходе эволюции - значит плохо старались представить" (c)
Эволюция бактериального жгутика
https://www.youtube.com/watch?v=ufWPgxHV9PA
P.S. Часть ответов на Ваши вопросы есть в данной теме:
https://aftershock.news/?q=node/404408
Спасибо за ссылки.
Slavyanin, после похода по ссылке. Выстроенная эволюционистами крепость представляется вполне пробиваемой. Простота и легкость механизма наращивания сложности системы - кричат о рассмотрении под лупой каждого шага представленной версии. Вот простенький транзистор. А вот уже и процессор с 4-мя ядрами молотит ваши смс-ки.. К сожалению, в материал придется погружаться слишком глубоко (переучиться на микробиолога), чтобы точно сформулировать следующие вопросы (схватить за руку, стоп, на каком основании делается переход от утверждения А к утверждению Б. Нахальство некоторых "логических" переходов очевидно даже электрику).
Преимущество узкого специалиста-модельера с каждым десятилетием будет только расти. Чуть позже публике будет представлена мат. модель. Колпак будет надет и станет непроницаемым и неснимаемым. Славное Время Демиургов сознания обывателей. Первосвященников, но уже от Науки.. (Церебральный сортинг. Савельев С.В.) Примерно понятно какими средствами и приемами сегодня окучивается поп-сознание и будет окучиваться завтра. За знакомство с предложенными вами материалами - благодарен. По мере ограниченных возможностей буду заглядывать еще.
Метод Первосвященников описан Чеширским котом: "Отгадай загадку: когда молоток для крокета похож на электрошокер? Ответ очевиден: когда тебе угодно"
Никола Матцке - почти мастер. Ему бы чуть подробнее описать механику наследования каждого вновь выскочившего новообразования. На смену Никола Матцке сравнительно скоро придут настоящие мастера. Против Голливуда редкий обыватель выстаивает сегодня (работает на архетипах сознания. Беспроигрышно. Воглер Кристофер. «Путешествие писателя» ). Против Голливуда с эксклюзивным и дорогим ПО не устоит уже никто.
Не креационист и не эволюционист. Электрик.
Близкая тема - абиогенное происхождение L-аминокислот.
Метеоритный удар и добиологическая эволюция: https://youtu.be/9x8LMNI8kFs
Вопрос. Если допустить еще более редкую аномалию - квадроплетную. К чему в итоге может привести она? К расе супергероев? :))))
Ну понятно, что ответить на ваш вопрос невозможно, но эксперименты уже ведутся : Слово из четырёх букв
статья барахло .
первыми появились совместные РНК-белковые комплексы . сейчас мы их видим как транспортные РНК .
потом две транспортные РНК случайно объединились крест-накрест в первую рибосому , которая смогла использовать случайные последовательные объединения тРНК для синтеза белков .
химическая эволюция получила ещё одно футбольное поле для развития . в какой-то момент был синтезирован белок , способный создавать другие рибосомы - эволюция получила положительную обратную связь .
для самых распространённых аминокислот из тРНК эволюция вычеркнула общие части оставив кодирующие элементы .
а для редких аминокислот так и остался "крестик" тРНК . первичная рибосома также эволюционировала под действием того же белка . к ядру из двух "крестиков" тРНК добавилось ещё несколько штук и сам белок в нескольких экземплярах .
Из текста комментария непонятно почему именно триплет стал использоваться.
P.S. Вы описываете процесс зарождения жизни с такой лёгкостью как-будто сами его наблюдали. На чем основано ваше описание?
Прочитал все коментарии. Как будто послушал разговор иностранцев, когда язык плохо знаешь. Слова какие то знакомы но ничего не понятно... но очень интересно.
Спасибо.
Ниже, в качестве примера, смоделировано как могла выглядеть кодировка в дуплетном коде
Хотелось бы иметь фантазию представить кодировку в тетраплетном виде)
Страницы