Участие Словакии в Польской кампании
Согласно заключённому 23 марта германо-словацкому соглашению, Германия гарантировала независимость и территориальную целостность Словакии, а Братислава обязалась предоставить свободный проход по своей территории немецким войскам и согласовывать с Третьим Рейхом свою внешнюю политику и развитие вооруженных сил. При разработке плана «Вайс» («Белый» план по войне с Польшей) немецкое командование решило атаковать Польшу с трёх направлений: атака с севера из Восточной Пруссии; с территории Германии через западную границу Польши (главный удар); атака немецких и союзных словацких войск с территории Чехии и Словакии.

В 5 утра 1 сентября 1939 года, одновременно с наступлением вермахта, началось и движение словацких войск под командованием министра национальной обороны, генерала Фердинанда Чатлоша. Таким образом, Словакия вместе с Германией стала страной-агрессором во Второй мировой войне. Словацкое участие в боевых действиях было минимальным, что и выразилось в потерях полевой армии «Бернолак» - 75 человек (18 человек убитыми, 46 ранеными и 11 пропавшими без вести).

Незначительные боевые действия выпали на долю 1-й словацкой дивизии под командованием генерала Антона Пуланича. Она прикрывала фланг наступающей немецкой 2-й горнострелковой дивизии и заняла селения Татранска Яворина и Юргов и город Закопане. 4-5 сентября дивизия приняла участие в столкновениях с польскими войсками и продвинувшись на 30 км, к 7 сентября заняла оборонительные позиции. С воздуха дивизию поддерживали самолёты словацкого авиаполка. В это время 2-я словацкая дивизия находилась в резерве, а 3-я дивизия словацкой армии защищала 170-километровый участок границы от Старой Любовны до границы с Венгрией. Только 11 сентября 3-я дивизия перешла границу и без сопротивления со стороны поляков заняла часть территории Польши. 7 октября было объявлено о демобилизации армии «Бернолак».
При минимальном участии в реальных боевых действиях, что во-многом было связано с быстрым поражением и развалом польских вооружённых сил, Словакия в политическом плане одержала значительную победу. Были возвращены земли утраченные в течение 1920-х и в 1938 году.

Генерал Фердинанд Чатлош.
Словацкие вооруженные силы против Красной Армии
После завершения польской кампании в словацких вооруженных силах и прошла определённая реорганизация. В частности, в Военно-воздушных силах к началу 1940 годы расформировали старые эскадрильи и создали новые: четыре разведывательные -1-я, 2-я, 3-я, 6-я и три истребительные – 11-я, 12-я, 13-я. Они были сведены в три авиационных полка, которые были распределены по трём районам страны. Командующим ВВС был назначен полковник Генерального штаба Р. Пильфоусек. В словацких ВВС было 139 боевых и 60 вспомогательных самолётов. Уже весной ВВС снова реорганизовали: было учреждено Командование воздушными войсками, его возглавил генерал Пуланих. Командованию были подчинены ВВС, зенитная артиллерия и служба наблюдения и связи. Одну разведывательную эскадрилью и один авиаполк расформировали. В результате к 1 мая 1941 года в боевом составе ВВС было 2 полка: 1-й разведывательный (1-я, 2-я, 3-я эскадрильи) и 2-й истребительный (11-я, 12-я и 13-я эскадрильи).
23 июня 1941 г. Словакия объявила войну СССР, и 26 июня на Восточный фронт был отправлен Словацкий экспедиционный корпус (около 45 тыс. солдат). Его командиром был генерал Фердинанд Чатлош. Корпус был включён в состав группы армий «Юг». В его составе было две пехотные дивизии (1-я и 2-я). Вооружен корпус был в основном чехословацким оружием. Хотя в ходе войны немецкое командование осуществило некоторые поставки миномётов, зенитных, противотанковых и полевых орудий. Из-за недостатка транспортных средств Словацкий корпус не мог поддерживать быстрый темп наступления, не успевая за немецкими войсками, поэтому ему поручили охранять транспортные коммуникации, важные объекты, уничтожать оставшиеся очаги сопротивления советских войск.
Командованием было принято решение из моторизованных подразделений корпуса сформировать подвижное соединение. Все мобильные подразделения корпуса свели в подвижную группу, под началом генерал-майора Августина Малара (по другим данным, полковника Рудольфа Пильфоусек). В т. н. «быструю бригаду» вошли отдельный танковый (1 -я и 2-я танковые роты, 1-я и 2-я роты противотанковых орудий), мотопехотный, разведывательный батальоны, артиллерийский дивизион, рота обеспечения и инженерный взвод. С воздуха «быструю бригаду» прикрывали 63 самолета словацких ВВС.
«Быстрая бригада» наступала через Львов в направлении Винницы. 8 июля бригада была подчинена 17-й армии. 22 июля словаки вошли в Винницу и с боями продолжали наступление через Бердичев и Житомир к Киеву. Бригада несла большие потери.
В августе 1941 года на основе «быстрой бригады» была сформирована 1-я моторизованная дивизия («Быстрая дивизия», словацк. Rýchla divízia). В её состав входили два пехотных полка неполного состава, артиллерийский полк, батальон разведки и танковая рота, всего около 10 тыс. человек (состав постоянно менялся, дивизии придавали другие части из корпуса). Оставшиеся части корпуса вошли в состав 2-й охранной дивизии (около 6 тыс. человек). В неё вошли два пехотных полка, полк артиллерии, разведывательный батальон и бронеавтомобильный взвод (позднее передали в состав «Быстрой дивизии»). Она дислоцировалась на территории Западной Украины в тылу немецких войск и первоначально занималась ликвидацией окружённых частей Красной Армии, а затем борьбой с партизанами в районе Житомира. Весной 1943 года 2-ю охранную дивизию перебросили в Белоруссию, в район Минска. Моральный дух этой части оставлял желать лучшего. Карательные действия угнетали словаков. Осенью 1943 года, из-за участившихся случаев дезертирства (несколько соединений целиком перешли с оружием на сторону партизан) дивизию расформировали и направили в Италию в качестве строительной бригады.
В середине сентября 1-я моторизованная дивизия была выдвинута к Киеву и приняла участие в штурме столицы Украины. После этого дивизию отвели в резерв группы армий «Юг». Передышка была недолгой и вскоре словацкие солдаты приняли участие в боях около Кременчуга, наступая вдоль Днепра. С октября дивизия воевала в составе 1-й танковой армии Клейста в районе Днепра. 1-я моторизованная дивизия вела бои около Мариуполя и Таганрог, а зимой 1941-1942 гг. располагалась на рубеже реки Миус.
 

Нагрудный знак 1-й словацкой дивизии.
В 1942 году Братислава предложила немцам направить на фронт 3-ю дивизию, чтобы восстановить отдельный словацкий корпус, но это предложение не было принято. Словацкое командование старалось осуществлять быструю ротацию личного состава между войсками в Словакии и дивизиями на Восточном фронте. В целом тактика поддержания одного элитного соединения на передовой – «Быстрой дивизии», до определённого времени, была успешной. Немецкое командование хорошо отзывалось об этом соединении, словаки проявили себя «храбрыми солдатами с очень хорошей дисциплиной», поэтому часть постоянно применяли на передовой линии. 1-я моторизованная дивизия приняла участие в штурме Ростова, воевала на Кубани, наступая на Туапсе. В начале 1943 года дивизию возглавил генерал-лейтенант Стефан Юрек.

Плохие деньки для словацкой дивизии наступили, когда в войне наступил коренной перелом. Словаки прикрывали отступление немецких войск с Северного Кавказа и несли большие потери. «Быстрая дивизия» была окружена около станицы Саратовской под Краснодаром, но часть её сумела пробиться, бросив всю технику и тяжелое вооружение. Остатки дивизии по воздуху вывезли в Крым, где словаки охраняли берег Сиваша. Часть дивизии оказалась под Мелитополем, где была разбита. Более 2 тыс. человек попали в плен и стали костяком для 2-й Чехословацкой воздушно-десантной бригады, которая стала сражаться на стороне Красной Армии.

1-я моторизованная дивизия, вернее её остатки, была переформирована в 1-ю пехотную дивизию. Её направили на охрану черноморского побережья. Словаки, вместе с немецкими и румынскими частями отступали через Каховку, Николаев и Одессу. Боевой дух части резко упал, появились дезертиры. Словацкое командование предложило немцам перебросить часть на Балканы или в Западную Европу. Однако немцы отказали. Тогда словаки попросили отвести дивизию на родину, но и это предложение было отвергнуто. Только в 1944 году часть перевели в резерв, разоружили и в качестве строительной бригады направили в Румынию и Венгрию.

Словацкое национальное восстание (29 августа – 28 октября 1944 года)

Когда в 1944 году фронт подошёл к Словакии, в стране была сформирована Восточнословацкая армия: 1-я и 2-я пехотные дивизии под командованием генерала Густава Малара. Кроме того, в Центральной Словакии формировали 3-ю дивизию. Армия должна была поддержать немецкие войска в районе Западных Карпатах и остановить наступление советских войск. Однако эта армия не смогла оказать существенной помощи вермахту. Из-за восстания немцам пришлось разоружить большую часть соединений, а часть солдат присоединилась к повстанцам.

Большую роль в организации восстания сыграли десантированные в Словакии советские группы. Так, до конца войны в Словакию было направлено 53 организационные группы численностью более 1 тыс. человек. К середине 1944 года в словацких горах было сформировано два крупных партизанских отряда — «Чапаев» и «Пугачёв». В ночь на 25 июля 1944 года в Канторской долине недалеко от Ружомберка была сброшена группа под началом советского офицера Петра Величко. Она стала основой для 1-й Словацкой партизанской бригады.

Словацкая армия в начале августа 1944 года получила приказ провести антипартизанскую операцию в горах, но партизаны были заранее предупреждены, имея сочувствующих их делу солдат и офицеров в вооружённых силах. К тому же словацкие солдаты не хотели воевать против соотечественников. 12 августа Тисо ввел в стране военное положение. В 20-х числах августа партизаны активизировали свою деятельность. На их сторону стали переходить полицейские формирования, военные гарнизоны. Немецкое командование, чтобы не потерять Словакию, 28-29 августа начало оккупацию страны и разоружение словацких войск (из них создали ещё две строительные бригады). В подавлении восстания участвовало до 40 тыс. солдат (затем численность группировки была удвоена). В это же время Ян Голиан отдал приказ о начале восстания. В начале восстания в рядах повстанцев было около 18 тыс. человек, концу сентября повстанческая армия насчитывала уже около 60 тыс. бойцов.

Восстание было преждевременным, т. к. советские войска ещё не могли оказать значительную помощь восставшим. Немецкие войска смогли разоружить две словацкие дивизии и перекрыли Дукельский перевал. К нему советские части вышли только 7 сентября. 6-9 октября на помощь повстанцам была десантирована 2-я чехословацкая парашютно-десантная бригада. К 17 октября немецкие войска вытеснили восставших из самых важных районов в горы. 24 октября вермахт занял центры сосредоточении повстанческих сил - Брезно и Зволен. 27 октября 1944 г. вермахт занял «столицу» повстанцев – г. Банску-Бистрицу и словацкое восстание было подавлено. В начале ноября в плен попали руководители восстания - дивизионный генерал Рудольф Виест и бывший начальник штаба «Быстрой дивизии, глава сухопутных сил Словакии Ян Голиан. Немцы их казнили в концентрационном лагере Флоссенбюрг в начале 1945 года. Остатки повстанческих сил продолжили сопротивление в партизанских отрядах и по мере продвижения советских войск помогали наступающим красноармейцам.

В условиях общего отступления вермахта и его союзников 3 апреля правительство Республики Словакия прекратило своё существование. 4 апреля 1945 г. войска 2-го Украинского фронта освободили Братиславу, Словакия снова была провозглашена частью Чехословакии.