Давайте так. Я делаю последний подход, если вас он не устраивает - я откланиваюсь и ветку закрываем?

Посылать к статьям - не честный и не правильный прием. Поясняю почему:

1. Ни вы ни я не обладаем достаточным уровнем знаний в предмете, чтобы иметь возможность во-первых оценить статью, во-вторых - банально знать, где их искать (кстати не уверен, что к вам статья попала просто поиском, уж извините, а не распространяется где-то в тусовке людей со специфичным взглядом на предмет). В связи с этим, даже если я чего-то нарою - это будет мое слово против вашего. 

2. Вообще не факт, что существует статья, которая опровергает вашу. Тут вопрос - а был ли спор вообще на тему. И нужен ли он?

Поэтому я предлагал опираться только на общедоступный опыт и логику. Например - вакцина от гриппа негерметичная, на сколько я понимаю термин, колят ее много лет (хотя я не знаю, какой интервал времени для вас "среднесрочный"). Кстати, один из заданных вами в статье вопросов "Какие науке известны случаи всеобщей и постоянной вакцинации для негерметичных вакцин?". Так вот на него ответ - грипп в частности. Я, кстати, не уверен (не специалист), что к этой категории нельзя отнести большинство вакцин против вирусных заболеваний.

Однако. Я могу внимательно прочитать вашу статью в оригинале, а не в газетной заметке. Конкретно - раздел Discussion. И я это сделал. Так вот (цитаты ниже пропущены через переводчик):

Совершенно неясно, что способствовало этой вирусной эволюции. Наблюдение за тем, что последовательно более эффективные вакцины были преодолены последовательно более вирулентными вирусными штаммами, побудило многих специалистов по MDV предположить, что вакцинация может быть ключевым фактором [19-24, 34-37], хотя выявление связанных с этим эволюционных факторов оказалось сложной задачей. В случае болезни Марека нет доказательств того, что прорыв вакцины более вирулентными штаммами имеет какое-либо отношение к преодолению специфичного для штамма иммунитета (например, эволюция эпитопов); генетические и иммунологические сравнения штаммов, различающихся по вирулентности, позволяют предположить, что детерминанты вирулентности кандидатов связаны с взаимодействием клетки–хозяина и репликацией вируса, а не с антигенами [19]. Гипотеза несовершенной вакцины была предложена в качестве эволюционного механизма, с помощью которого иммунизация может стимулировать эволюцию вирулентности MDV [2], но экспериментального подтверждения не было.

Наши данные не показывают, что вакцинация была ответственна за эволюцию гиперпатогенных штаммов MDV, и мы, возможно, никогда не узнаем наверняка, почему они эволюционировали в первую очередь. Очевидно, что многие потенциально значимые экологические факторы, влияющие на вирулентность, изменились с интенсификацией птицеводства. Например, по мере расширения отрасли бройлеры стали гораздо большей частью отрасли, а продолжительность жизни бройлеров сократилась вдвое благодаря достижениям в области генетики животных и животноводства; при прочих равных условиях это благоприятствовало бы более вирулентным штаммам [28], а также могло бы привести к большей генетической однородности в стадах [38] или условиям выращивания с высокой плотностью [13], или даже к увеличению частоты антител материнского происхождения, если бы естественные инфекции MDV стали более распространенными по мере активизации промышленности в эпоху до вакцинации (рис. 3) [39]. Но что бы ни было ответственно за эволюцию более вирулентных штаммов в первую очередь (и может быть много причин), наши данные показывают, что вакцинации достаточно для поддержания (а не появления! прим. KorchaginSA) гиперпатогенных штаммов в стаях домашней птицы сегодня. Поддерживая жизнь инфицированных птиц, вакцинация существенно повышает успешность передачи и, следовательно, распространение штаммов вируса, слишком смертоносных, чтобы сохраняться в невакцинированных популяциях, которые, следовательно, были бы удалены естественным отбором в эпоху до вакцинации.

Простыми словами в куске выше говориться следующее - вирус мутировал фиг знает как, и теперь передается от вакцинированной птице к невакцинированным, и их убивает. А раньше бы он все рано убил не вакцинированную птицу и все ее контакты. А теперь вакцинированная живет, зараза такая.

Мое добавление: Однако и без всякой вакцинации может произойти такое, что вирус не будет убивать ранее переболевшего другим его штаммом, но будет убивать не болевшего ни чем. В этой ситуации вакцинация становится необходимым условием выживания. Как вариант - отказ от вакцинации, изоляция и наблюдение как все зараженные помирают, унося с собой злобный вирус. При не 100% смертности - придется добивать. Не уверен, что второе решение годится для человеков.

Далее они пишут, что такой вариант, как отбор более вирулентных форм в организме вакцинированного носителя, в теории таки возможен (цитаты не подсовываю - большой объем).

А теперь главный момент статьи, который упущен напрочь в ваших рассуждениях. Речь идет про ситуацию, когда:

Эти случаи и наши данные открывают перспективу того, что различные технологии смягчения последствий заболеваний могут стимулировать эволюцию вирулентности, включая препараты, улучшающие течение болезни [7,47] или генетические улучшения устойчивости хозяина [48]. Если эти технологии продлят инфекционные периоды гиперпатогенных штаммов, как мы показали, вакцинация может, они также могут создать условия, способствующие появлению высоколетальных штаммов.

Текущие вакцины для текущей ковидлы время ее жизни в организме не продлевают, напротив - стимулируют более быструю иммунную реакцию организма, сокращая срок пребывания в нем заразы. Вот если каким то образом появится мутация, которая научится обходить иммунитет (что, как в статье сказано, ни как не зависит от вакцин) - и торчать в организме по долгу (механизма я не понял - сидит под шконкой при наличии антител что ли?), то тогда да. Но, опять же, это может быть и в случае с исключительно естественным иммунитетом.