Российские исследователи показали, что приобретение большого количества мутаций является результатом долгого нахождения SARS-CoV-2 в одном организме - в случае пациента с ослабленным иммунитетом. Многие из исследованных мутаций также совпали с выявленными в "британском" варианте. На сайте virological.org опубликован препринт исследования с описанием случая, в котором коронавирус приобрел 18 новых мутаций.
ИЗВЕСТИЯ, 12 января 2021, 00:01. Штаммовое предупреждение: выявлен «российский» вариант коронавируса (Анна Урманцева).
В России обнаружен новый вариант коронавируса, который приобрел 18 мутаций за четыре месяца нахождения в организме пациентки с подавленным иммунитетом. Этот штамм может претендовать на звание «российского» по аналогии с «британским». Он относится к той же группе, часть мутаций патогенов совпадает. Ранее директор Института им. Н.Ф. Гамалеи (разработчик вакцины от коронавируса «Спутник V») Александр Гинцбург заметил, что в России, скорее всего, есть свой уникальный штамм коронавируса, как в Великобритании, но его пока не выявили. Впрочем, делать выводы о новом виде SARS-CoV-2 пока преждевременно: он недостаточно изучен и пока описан случай только с одним пациентом, указывают ученые.
ОСОБЫЙ СЛУЧАЙ
Существует большая вероятность, что в России есть свой уникальный штамм SARS-CoV-2 наподобие обнаруженного в Великобритании. Об этом в понедельник заявил директор Центра им. Н.Ф. Гамалеи Александр Гинцбург.
Российские ученые опубликовали препринт с описанием случая пациентки, внутри организма которой коронавирус приобрел 18 новых мутаций. Работу написали ученые Сколковского института науки и технологий (Сколтех) в соавторстве с исследователями Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН, а также Первого государственного медицинского университета им. И.П. Павлова и НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева. В препринте говорится о женщине 47 лет с диагнозом «неходжкинская диффузная B-клеточная лимфома IV стадии B» (злокачественное новообразование). Она заразилась коронавирусом в палате, проходя химиотерапию в апреле. С тех пор ей многократно делали ПЦР-тест, и он показывал положительные результаты вплоть до 9 сентября.
«Известия» обратились к Александру Гинцбургу с вопросом о том, имел ли он в виду именно тот штамм, который описан в приведенной статье. На момент публикации получить ответ не удалось.
Ученые прочитали геном коронавируса в образце мазка пациента А, вероятного источника инфекции, полученный 10 апреля. Таким образом удалось установить, какие мутации патоген приобрел в организме пациентки с лимфомой.
— В геноме нашумевшего «британского» штамма 20B/501Y.V1 или VOC 202012/01 (линии B.1.1.7) также обнаружено много новых функциональных мутаций. Было предположено, что он мутировал, находясь долгое время у пациента с ослабленным или подавленным иммунитетом. Но именно в этой российской работе было впервые убедительно показано, что приобретение большого количества мутаций является результатом долгого нахождения SARS-CoV-2 в одном организме,
— объяснил профессор кафедры геномики и биоинформатики СФУ, профессор Геттингенского университета (Германия) Константин Крутовский.
— Именно в таких условиях коронавирус получает возможность изменяться необычайно быстро и эволюционировать в сторону адаптации к организму хозяина-человека. Большинство из этих мутаций — несинонимичные, то есть вызывают замену аминокислот в белках вируса и могут повлиять на функции вируса.
КАК В НОРКЕ
Интересно, что две из 18 мутаций идентичны тем, которые были найдены у норок в Дании. Напомним, что анализ ситуации привел тогда к выбраковке миллионов животных. Причины для тревоги включали быстрое распространение вируса среди норок и обнаружение специфического набора мутаций на функционально важных участках, некоторые из которых вызвали ускользание от иммунитета. Эти мутации сохранялись при последующей передаче коронавируса человеку.
Опасную комбинацию обозначили как ΔF — именно она дает патогену возможность быстро размножаться и уклоняться от распознавания путем нейтрализации антител. Это вызвало опасения, что такие мутации могут повлиять на эффективность вакцины.
Авторы статьи пишут:
«Мы сообщаем о случае пациента с лимфомой с длительным заболеванием COVID-19 с положительными результатами ПЦР-тестов за период более четырех месяцев. Мы показываем, что она приобрела 18 новых мутаций, включая комбинацию ΔF».
Это значит, что опасная комбинация образовалась в организме этой пациентки еще раз.
Такое независимое возникновение схожих комбинаций мутаций труднообъяснимо случайными событиями, считает Константин Крутовский. Это признак направленного естественного отбора в пользу мутаций, способствующих адаптации вируса к хозяину.
— Другие мутации совпадают с теми, которые раньше наблюдались при эволюции вируса в SARS-CoV-2 у других иммуносупрессированных пациентов, и с теми, которые возникли в быстро распространяющемся «британском» варианте (VOC-202012/01), который тоже, предположительно, возник у человека с ослабленным иммунитетом,
— сказал эксперт.
Пока делать выводы о наибольшей скорости распространения нового «российского» штамма преждевременно, так как описан только один случай, считает Константин Крутовский.
— Найденный в РФ новый вариант коронавируса относится к той же кладе (группе близкородственных организмов. — «Известия»), что и «британский» штамм,
— объяснил руководитель лаборатории геномной инженерии МФТИ Павел Волчков.
— Поэтому у них есть общие мутации. Но есть и заново полученные. Среди них одна (Δ69-70HV) полностью совпадает в британским вариантом. В остальном эти вирусы сильно различаются.
По словам эксперта, делать какие-то значимые выводы о быстроте мутирования, распространения или увеличения смертности на основе этой информации преждевременно, так как не хватает данных по российской популяции.
— Если найденный в РФ вариант коронавируса не получил широкого распространения и действительно найден только в одном пациенте, то, возможно, он не приобрел опасных мутаций и научился жить только в организмах людей с ослабленным иммунитетом. Или же постепенно похожие штаммы будут находить всё в большем количестве образцов,
— добавил Павел Волчков.
В АКТИВНОМ ПОИСКЕ
В пресс-службе Роспотребнадзора на вопрос «Известий» о распространенности «российского» штамма коронавируса привели цитаты из ноябрьского заявления ведомства. Вероятно, новых исследований вопроса служба не проводила.
— Никакие мутации, которые мы наблюдаем на территории РФ, не влияют на эпидемиологическую значимость тех или иных вариантов, изолятов вируса. Всё, что мы видим на территории РФ, не усиливает возбудитель, не ослабляет возбудитель, просто мы видим мельчайшие изменения, которые в нем могут происходить,
— говорила руководитель Роспотребнадзора Анна Попова.
Впрочем, в ведомстве отметили, что исследования в этом направлении продолжаются.
Что касается «британского» штамма, который недавно был найден у пациента из России, то пока, по заверению специалистов Роспотребнадзора, ситуация находится под контролем.
— Тест-системы, выпускаемые учреждениями Роспотребнадзора, позволяют выявлять и «британский» штамм, проводить эпидемический надзор и оперативно реагировать, чтобы препятствовать его дальнейшему распространению,
— сказал заместитель директора по научной работе ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Александр Горелов.
— Созданные в РФ вакцинные препараты также защищают и от «британского» штамма. Поскольку это разновидность всё той же коронавирусной инфекции, то и меры профилактики остаются теми же, которые уже доказали свою эффективность.
Кроме того, сейчас полностью закрыты границы с Великобританией, напомнил специалист. Все эти мероприятия позволят разорвать эпидемическую цепочку и не допустить распространения нового штамма в нашей стране, заключил Александр Горелов.
На 11 января 2021 года в России зафиксировано 3,4 млн случаев заражения COVID-19. Общее число смертей от коронавирусной инфекции — 62,3 тыс., подтвержденных случаев полного излечения — 2,8 млн.
Комментарии
"Установлены условия возникновения..", "характерно для пациентов.."
А на деле читаем статью:
Статистика на одном случая..
Согласен.
Обновлю: пожалуй, не вполне. Здесь, скорее, речь о том, что процесс однозначно увязан по источнику и результату.
Но здесь другое интересно - возникновение подобных и даже тех же мутаций в сравнении с другими случаями.
Тем не менее:
В чем "убедительность"? Один же случай. Да и очевидно, что чем больше времени (4 месяца болела!) тем больше мутаций.
Да и "большое количество" - это как-то спорно. Еще в конце весны "Вектор" говорил о более 50 мутациях, ими исследованных. Грипп за сезон может дать 500 мутаций. А здесь "всего лишь" 18.
А что у британцев биология отличается от россиян?
Скорее всего, он как раз о подтверждении соответствия результата эволюции вируса его источнику.
Да, суда по этой цитате, даже и от норок... не так, чтобы совсем :о))
Шутка. Разумеется, никто не исключает возможности заражения норок как раз уже мутировавшим штаммом.
Важен контекст.
Одно дело 100500 мутаций неизвестно в каких условиях, другое дело 18 - но в пределах одного организма.
Не вижу ничего особенного с "в пределах одного организма". Мутации - обычное явление.
Если с точки зрения медицинской или роспотребовской статистики - наверное, да.
Если с точки зрения поиска направления эволюции вируса - нет.
В идеале, наверное, было бы прекрасно отследить моменты мутаций с максимальной дискретностью: вот эти одна-две при таких-то условиях, а эта - при еще таких-то. А еще две - еще в других. Но уж чем пока богаты...
Возможно особенность в том, что 18 мутаций у одного носителя претерпел.
Для мутации требуется продолжительное нахождение в организме, а у гриппом не болеют по несколько месяцев, а следовательно таких кардинальных мутаций ожидать не следует. Проблема с гриппом - что в разных регионах идут разные штаммы, а тут может получится что внутри одной локации заиметь кучу разных штаммов, что куда опаснее.
В общем, столь активная мутация и вызывает сомнения в том, что получится купировать проблему вакцинацией.
И тут же акцент не на том, что "новый вирус", а на том, что описан процесс формирования нового штамма на примере одного пациента, другими словами, интерес представляет не сам штамм, а исследование процесса мутации, а тут и одного пациента достаточно
Ну да, ну да...
На в лотерею, а в покер, не выиграл, а проиграл.
А так - всё верно.
http://kremlin.ru/events/president/news/63350
14 мая 2020 года
"Применение отработанных технологий полногеномного секвенирования также позволило оперативно расшифровать первый геном нового коронавируса в России ещё 20 февраля текущего года. На настоящий момент определены с помощью данных технологий полные геномные последовательности уже 65 вирусных изолятов, циркулирующих в Российской Федерации. Генетический анализ показывает очень незначительное количество (от 4 до 11) нуклеотидных замен относительно исходного референсного штамма. Мы продолжаем проводить данное исследование на постоянной основе, в том числе секвенирование именно нового коронавируса с целью своевременного выявления мутантных форм."
Так что вы сказать то хотели?
Догадываюсь - хотел сказать, что ваше утверждение
"о более 50 мутациях, ими [прим. - Вектором] исследованных" неверно. В сущности, вы своей цитатой сами себя опровергли:
На момент цитируемой вами публикации по Вектору - не более 11 мутаций.[Прим. к началу этой зимы - их уже до 30-ти]. А вот вариантов же сочетаний мутаций может быть не просто более 50, но гораздо более 50.
Здесь же в пределах одного пациента их (мутаций) аж 18.
Слово "мутация" в приведенном мной документе встречается 2 раза и никаких "не более 11", разных мутировавших ковидов было более 50. Так что у вас просто бессмысленная софистика, "придирка к буковкам". Называйте как хотите, а мне это не интересно.
У вас в цитате выделено "65 изолятов" - это и есть ваши "мутировавшие ковиды".
И в той же цитате не выделено, но присутствует свидетельство про "незначительное количество (от 4 до 11) нуклеотидных замен". Это и есть количество мутаций. Мутация суть "нуклеотидная замена".
А то, что количество сочетаний этих мутаций математически может быть просто огромным (больше 50), рассказывает не "бессмысленная софистика", а математика. Комбинаторика. Если вас никогда не интересовала математика, то с чем вы здесь спорите?
Да, наверное, большое количество сочетаний мутаций может оказаться биохимически "запрещенным", но это уже поле для генетиков, а не просто математики. Тем не менее, до получения такой оценки можно полагать, что число сочетаний взаимно совместимых мутаций очень велико. Даже, если число самих мутаций - не слишком.
Вы дурачком прикидываетесь? Или не прикидываетесь?
Мута́ция (лат. mutatio — изменение) — стойкое (то есть такое, которое может быть унаследовано потомками данной клетки или организма) изменение генома.
Изменение может быть маленьким (длиной от 4 до 11 нуклеотидных замен, например), а может быть большим (например, целый ген на 10000+ нуклеотидных замен).
"Сочетание" 4 нуклеотидных замен потенциально дает 81 вариантов мутаций.
И что с того? В обсуждаемом исследовании:
мутации перечислены как 3 потери и 15 мутаций "single-nucleotide", т.е. 15 мутаций в отдельных нуклеотидах. Таким образом, "мутацией" назван не данный вариант вируса, а именно изменения - либо потеря нуклеотида, либо идентифицированные как изменения в отдельных нуклеотидах.
В вашей же цитате Вектор говорил про "незначительное количество (от 4 до 11) нуклеотидных замен относительно исходного референсного штамма". Что, в соответствии с терминологией исследования соответствует "от 4 до 11 мутаций". А 65 "изолятов" это суть 65 штаммов вируса, а никак не "более 50 мутаций", как вы изволили писать:
- ваша цитата.
В общем, будьте осторожнее с эпитетами...
Вы что думаете, что я должен насильно вас учить школьному курсу биологии? Захотите сами почитаете.
ЗЫ: риторический вопрос: и почему на АШ столько воинствующих неучей?
Я думаю, что изложил связную мысль с опорой на цитаты, которую - имей оппонент профильное образование - он мог бы точно и не менее связно оспорить еще несколько сообщений назад.
И да.
С точки зрения наблюдателя, публика, обладающая сакральными знаниями, но не берущая труда внятно их изложить ничем не отличается от публики, такими знаниями не обладающей, но обладающей ЧСВ и набором громких эпитетов.
Вы просто неуч, который не хочет учиться. Вы всячески изворачиваетесь, но даже палец о палец не ударили, чтобы, как говорится, погуглить.
Я вам привел общепринятое определение мутации, причем оно очень простое. Вы же привели свое, никому не нужное кроме вас, мнение.
И если ваши стандарты "настолько велики", что школьный уровень знаний - это "ЧСВ и набор громких эпитетов", то у вас проблемы.
Это последнее, что я готов для вас сделать, и так уже какой-то переизбыток альтруизма.
...то есть, если я в ответ к вам не применил какую-нибудь грубость, то дискуссия не состоялась? :о))
Ничего подобного, я в ответ привел вам применение термина в научной работе, которое не соответствует столь широкому "общеупотребительному" термину из википедии. Но вы не стали это комментировать, хотя от профессионала можно было бы ожидать простого пояснения - почему другие профессионалы в этой работе используют термин "мутация" в узком смысле, объявляя "mutations" либо "deletions" либо "single-nucleotide mutations".
Почему вы используете не такое определение, как авторы статьи?
А, может быть, по вашему, работу писали не профессионалы?
Нет ответа пока что.
В ответ на это лишь поток эмоций и ругани с предложением поверить джентльмену на слово.
И что вы так разволновались? От всех мутаций помогает иммунитет, а он и есть панацея. В отличие от вакцин.