Когда о ЧП было доложено руководству страны, для локализации вспышки были задействованы силы КГБ, МВД, Советской армии, Минздрава и других ведомств. Расследование контактов Кокорекина показало, что до госпитализации он успел пообщаться с массой людей. Каждый из них мог стать источником распространения инфекции.

Контакты больного были отслежены с момента его попадания на рейс «Аэрофлота» из Дели до последних дней. Были поимённо установлены не только друзья и знакомые, с которыми он был в контакте, но и таможенники встречавшей его смены, таксист, который вёз его домой, участковый врач и работники поликлиники. Одного из знакомых Кокорекина, отправившегося в Париж, решили снять с рейса «Аэрофлота», когда самолёт был в воздухе. Машину развернули, а опасного пассажира и всех, кто был на борту, отправили в карантин^{[источник?]}.

Одна из знакомых Кокорекина преподавала в институте и принимала экзамены у студентов, из этого вуза в карантин сразу отправили сотни человек. Подарки, привезённые из Индии для жены и любовницы, были реализованы через комиссионки на Шаболовке и Ленинском проспекте. Уже через сутки все посетители магазинов и покупатели экзотики были установлены, помещены в карантин, а проданные индийские сувениры сожжены.

Боткинская больница закрывается на карантин вместе со всеми больными и медработниками. Для её снабжения из мобилизационных хранилищ Госрезерва направляются грузовики с необходимыми продуктами и материалами^{[источник?][источник?]}.

Москву тоже закрыли на карантин, отменив железнодорожное и авиационное сообщение, перекрыв автодороги^{[источник?][источник?]}.

Круглосуточно медицинские бригады ездили по адресам выявленных контактов больного, забирая в инфекционные больницы вероятных носителей оспы.

К 15 января 1960 года оспа в стадии заболевания была выявлена у 19 человек. А в общей сложности неосмотрительность одного туриста затронула 9342 контактёра, из которых к первичным относилось около 1500. Эти люди с «первой линии» опасности были помещены на карантин в стационары Москвы и Московской области, остальных врачи наблюдали на дому, в течение 14 дней обследуя дважды в день

Последний выявленный больной был зарегистрирован 3 февраля 1960 года^[1].

Массовая вакцинация

Правительство распорядилось в экстренном порядке доставить оспенную вакцину для тотального прививания населения Москвы и Московской области. В течение трёх дней в распоряжение Московской городской санитарно-эпидемиологической станции было доставлено самолётами 10 млн доз противооспенной вакцины из Томского, Ташкентского институтов вакцин и сывороток и Краснодарской краевой санэпидстанции^{[источник?][источник?]}.

Для вакцинации были мобилизованы 26 963 медработника, был открыт 3391 прививочный пункт и организованы 8522 прививочные бригады для работы в организациях и ЖЭКах^{[источник?][источник?]}.

К 25 января 1960 года были вакцинированы 5 559 670 москвичей и более 4 000 000 жителей Подмосковья. Это стало беспрецедентной в мире акцией по вакцинированию населения как по масштабам, так и по срокам